Zgodnie z ustawą o finansach publicznych kierownik jednostki, a w urzędzie administracji rządowej, w którym tworzy się stanowisko dyrektora generalnego urzędu – dyrektor generalny, jest odpowiedzialny za zapewnienie warunków niezbędnych do niezależnego, obiektywnego i efektywnego prowadzenia audytu wewnętrznego, w tym organizacyjnej odrębności komórki audytu wewnętrznego oraz ciągłości prowadzenia audytu wewnętrznego w jednostce.

Podstawowe warunki gwarantujące niezależność organizacyjną i funkcjonalną audytu, określone w przepisach ustawy, obejmują zasady, zgodnie z którymi:

- kierownik komórki audytu wewnętrznego podlega bezpośrednio kierownikowi jednostki, a w urzędzie administracji rządowej, w którym tworzy się stanowisko dyrektora generalnego urzędu – dyrektorowi generalnemu w zakresie określonym odrębnymi ustawami,

- rozwiązanie stosunku pracy lub zmiana warunków płacy i pracy kierownika komórki audytu wewnętrznego ministerstwa oraz jednostki w dziale nie może nastąpić bez zgody właściwego komitetu audytu,

- audytor wewnętrzny ma prawo wstępu do pomieszczeń jednostki oraz wglądu do wszelkich dokumentów, informacji i danych oraz do innych materiałów związanych z funkcjonowaniem jednostki, w tym utrwalonych na elektronicznych nośnikach danych, jak również do sporządzania ich kopii, odpisów, wyciągów, zestawień lub wydruków, z zachowaniem przepisów o tajemnicy ustawowo chronionej,

- pracownicy jednostki są obowiązani udzielać informacji i wyjaśnień, a także sporządzać i potwierdzać kopie, odpisy, wyciągi lub zestawienia, o których mowa powyżej.

Z kolei standardy audytu wewnętrznego wymieniają następujące warunki niezbędne dla zachowania niezależności audytu wewnętrznego:

- zapewnienie podległości zarządzającego audytem wewnętrznym takiemu szczeblowi zarządzania w jednostce, który pozwoli audytowi wewnętrznemu wypełniać jego obowiązki (standard 1110) oraz

- zapewnienie ochrony audytu przed narażeniem na jakiekolwiek próby narzucenia zakresu audytu, wpływania na sposób wykonywania pracy i informowania o jej wynikach (standard 1110.A1).

Źródło „Zapewnienie niezależności audytora wewnętrznego a przeciwdziałanie korupcji w jednostce” Departament Polityki Wydatkowej w Ministerstwie Finansów